Дворец для канцлера императрицы Елизаветы Петровны графа Михаила Воронцова был построен по проекту архитектора Ф.Б. Растрелли в 1749-1757 годах. Капеллу спроектировал другой известный итальянский архитектор — Джакомо Кваренги. Ее открытие состоялось в 1800 году. До 1917 года капелла была действующим католическим храмом, доступ в нее был открыт только узкому кругу людей: дипломатам, церковнослужителям, высокопоставленным политикам, членам царской семьи.

В 1950-х годах в Воронцовском дворце разместилось Суворовское военное училище, а сегодня здание находится в распоряжении Третьего Кассационного суда общей юрисдикции. В 1998 году Мальтийскую капеллу отреставрировали и открыли для посещения. В настоящее время в капелле расположен Музей истории кадетских корпусов России. Также под ее сводами проходят концерты органной, джазовой и камерной музыки.