Основные экспозиционные помещения объединены в три анфиладные линии: Дворцовую линию (вдоль Дворцовой площади), Певческую линию (вдоль Певческого проезда), Речную линию (вдоль набережной реки Мойки) и дополнены центральной Большой анфиладой внутренних дворов-атриумов. В экспозиционную зону из парадного входного вестибюля ведет величественная лестница, размещенная в самом большом из пяти внутренних дворов.

На втором этаже музея открыта экспозиция «Искусство эпохи модерна», тематическая выставка посвященная Министерству финансов Российской империи, которое располагалось в стенах этого здания. На третьем этаже созданы экспозиции «Комнаты памяти К.Фаберже», «Под знаком орла. Искусство ампира», «Французская живопись и скульптура XIX века», «Западноевропейское искусство XIX века (Германия, Голландия, Бельгия)», Музей гвардии XVIII века, постоянная выставка, рассказывающая о Министерстве иностранных дел Российской империи, также некогда занимавшем эту часть Главного штаба. На четвёртом этаже в «Галерее памяти Сергея Щукина и братьев Морозовых» представлена живопись Франции второй половины XIX века - начала XX веков: импрессионистов, постимпрессионистов, художников группы Наби. Отдельные залы отведены для полотен Матисса, Пикассо и других мастеров XX века.

В залах Главного штаба регулярно проходят временные выставки, это главная музейная площадка для показа современного искусства.

Подробная информация о доступности музея