«Гунзэчойнэй» в переводе с тибетского означает «Источник Cвятого Учения Всесострадающего Владыки-Отшельника». Буддийский храм был построен в Петербурге в 1909-1915 гг.  Инициатором постройки выступил посланник XIII Далай-ламы ученый бурятский лама Агван Лобсан Доржиев. Средства на постройку были отчасти пожертвованы Доржиевым и XIII Далай-ламой, отчасти собраны среди верующих в Бурятии и Калмыкии.

Храм был освящен 10 августа 1915 г. и получил тибетское название: Kun la brtse mdzad thub dbang mchhos byung ba’i gnas (Источник Святого Учения Всесострадающего Владыки-Отшельника). В годы гражданской войны храм подвергся погрому и утратил большую часть своих реликвий и культовых принадлежностей.

В 1922—1937 гг. храмовая усадьба принадлежала Тибето-монгольской миссии в СССР, находившейся под покровительством Наркомата по иностранным делам. В 1938 г. (после ареста лам и ликвидации миссии) здание храма и два жилых дома при нём были муниципализированы, предметы культа переданы в Музей истории религии и атеизма. В последующие годы (вплоть до конца 1980-х) в храме размещались соответственно физкультурная база, военная радиостанция, лаборатории Зоологического института АН СССР. В 1987 г. храм посетил Его Святейшество XIV Далай-лама Тензин Гьяцо, традиционно считающийся его Покровителем. 9 июля 1990 г. решением исполкома Ленгорсовета Храм был передан Ленинградскому обществу буддистов. В 1991 г. получил свое нынешнее название — Дацан Гунзэчойнэй, что является аббревиатурой его первоначального названия.

Настоятелем храма стал Данзан-Хайбзун Самаев, получивший после многих лет учебы и духовной практики полное монашеское посвящение от Далай-ламы XIV в Дарамсале. Настоятель стремился возродить центр буддийского образования и культуры, наладив работу и школы хуварачества, и издательское дело, активно проводя праздники, концерты и выставки, приглашая известных буддологов из-за рубежа.

В Дацане ведёт прием врач-тибетолог, специалист в области традиционной тибетской медицины.