Никольский морской собор строился как «морская полковая церковь» в период с 1753 по 1762 гг. на месте деревянного храма по проекту арх. С. И. Чевакинского в стиле елизаветинского барокко. Отдельно стоящая четырёхъярусная колокольня, завершенная высоким шпилем, возведена в 1755—1758 гг. Прилегающая к собору территория была застроена 1-этажными казармами для служителей военно-морского ведомства. До нашего времени сохранились каменные постройки Никольского рынка, возведенные в 1788—1789 гг.

Нижняя Никольская церковь освящена во имя святого Николая Чудотворца, который традиционно считается покровителем плавающих и путешествующих. Его же именем названа главная святыня собора — греческая икона XVII в. с частицей мощей. В саду перед храмом в 1908 г. был воздвигнут Цусимский обелиск в память о погибшем в Цусимском сражении экипаже броненосца «Император Александр III». Деньги на монумент собрали матросы и офицеры Гвардейского экипажа, в который входила команда броненосца. При соборе с 1870 г. действовало благотворительное общество со школой, больницей, приютом и женской богадельней.

Никольский собор - один из немногих храмов Петербурга, который никогда не закрывался, а с 1941 по 1999 гг. являлся кафедральным собором. Собор сохранил до наших дней свой исторический облик и интерьеры на протяжении более 200 лет. В храме одновременно могут находиться около 5 тысяч человек.