Строительство форта было начато в 1896 году в ходе реконструкции Кронштадтской крепости. Основой реконструкции было строительство двух насыпных островов для размещения на них крупных артиллерийских фортов с бетонными казематами и снарядными погребами. Форты получили названия «А» (Тотлебен) и «В» (Обручев).

Форту «В» в 1897 году было присвоено имя «Генерал-адъютант Обручев» в честь начальника Главного штаба Н. Н. Обручева, который сделал многое для модернизации Кронштадтской крепости.

К 1903 году было закончено строительство насыпных островов и гаваней, а строительство артиллерийских батарей и размещение на фортах орудий продолжалось вплоть до 1913 года, когда форты были переданы в ведение начальника крепостной артиллерии.

После подавления антибольшевистского восстания на форте в 1919 году — он был переименован в «Красноармейский».

В 1925–1927 годах на форте были установлены два 203-мм орудия с броненосного крейсера «Рюрик».

В 1930-х годах форты прошли модернизацию, и к началу Великой Отечественной войны на них были установлены башенные орудия.

В послевоенное время, в 1950-е годы, форт был заброшен. Подвергался вандализму вследствие чего — пришел в плачевное состояние. 

В настоящий момент Форт «Обручев» запланирован к реставрации. 

В 2026 году посещение форта возможно в рамках морских экскурсий.