29 апреля 1899г. состоялось освящение главного придела храма. Чин освящения со­вершил митрополит Антоний /Вадковский/, среди сослужащих ему священников мо­лился святой праведный Иоанн Кронштадтский. В мае 1899 года был освящен левый придел в честь святителя Николая Чудотворца, а 18 июля 1899 года освящен правый придел в честь преподобного Иоанна Постника.

Трехпрестольный храм Богоявления вмещает до 700 человек. Алтарная часть от­делялась одноярусным иконостасом, выполненным из фаянса на знаменитой фар­форовой фабрике М.С.Кузнецова, и отмечен был наградой на Всемирной Выставке в Париже в 1900г. Запрестольный образ Тайной Вечери, написанный во всю алтарную стену, виден с любого места в храме. Выше над Тайной Вечерей, образ Крещение Господне, изображенные на нем берега Иордана и окружающий пейзаж были выпол­нены А.С.Сланцевым с натуры, для чего он специально ездил в Палестину.

В главном куполе барабана на высоте более 30 метров написан образ Спасителя. В нижней части барабана, помещался аркатурно-колончатый пояс, интерколюмнии которого были заполнены 32 иконами — праотцы, пророки и апостолы. Настенная жи­вопись храма была выполнена А.С. Славцевым, орнаментальная роспись — К.Н.Бута­ковым, иконы в киотах и барабане написаны А.М. Постниковым.

Для освещения здания была разработана уникальная система электрического оборудования на 450 лампочек. Интерьер храма освещали три бронзовых золоченых паникадила высокохудожественной работы.

В советские годы, начиная с 1935 года, Храм был закрыт, фаянсовый иконостас, иконы, цер­ковная утварь утрачены. Здание храма использовалось под овощной склад, мыловаренный завод, склад Фрунзенского универмага.

4 января 1991г. была зарегистрирована Православная община Церкви Богоявле­ния на Гутуевском острове. 19 апреля 1991 года Церковь Богоявления взята под охрану государства как памятник истории и культуры. Распоряжением мэра Санкт-Петер­бурга №99-р 12 ноября 1991г. Храм передан Православной общине. 19 января 1992г. в престольный праздник Богоявления в храме состоялось Великое освящение воды. С марта 1992г. стали совершаться регулярные богослужения.

Восстановление церковной приходской жизни и реставрация свя­тыни — это две главные задачи, стоящие перед Приходским советом храма Богояв­ления Господня.

Продолжение дорогостоящих ремонтно-реставрационных работ как прежде, так и теперь, главным образом зависит от благотворительной помощи тех организа­ций, фирм и частных лиц, которые заботятся не только о хлебе насущном, но и о ду­ховном будущем России.

14 марта 1998 года в храме было засвиде­тельствовано чудо обновления иконы Рождества Христова. Ранее тёмная икона, засияла обновлёнными красками и позолотой, как после тщательной реставрации. Однако слой пыли и копоти, под­тёки лампадного масла и застывшие капельки воска, выявленные на поверхности иконы при осмотре, свидетельствовали о том, что к ней не прикасалась рука реставратора. Специальная Епархиальная комиссия засвидетельствовала это чудо.

Живописное убранство храма весьма своеобразно и по-своему уни­кально. Стены полностью покрыты росписью. С одной стороны, это тра­диционный для древнерусского искусства приём с разделением на еван­гельские сюжеты и изображением святых в различных геометрических формах, связанных развитыми орнаментальными мотивами. С другой сто­роны, сюжетные композиции написаны в реалистической, объёмно-про­странственной манере, являясь практически многофигурными картинами.

Можно сказать, что живопись храма, находящаяся в контексте худо­жественных достижений своего времени, в определённых аспектах ре­волюционна. Евангельские сюжеты выполнены по законам построения исторической картины, но с явным влиянием нарождающегося «русского импрессионизма». В манере А. С. Славцева, который по примеру Алексан­дра Иванова ездил в Палестину и писал с натуры берега Иордана в пору весеннего цветения, прослеживается увлечение пленерной живописью. Всё это органично сочетается с развитым орнаментальным декором, в ко­торый включены изображения Серафимов в духе стиля «модерн».

Автор, несомненно, испытывал влияние современных ему художни­ков. Например, в сюжете «Явление Воскресшего Христа при море Тивери­адском», композиционно напоминающем суриковское «Покорение Сиби­ри Ермаком», одновременно прослеживаются и живописные достижения импрессионистов, а в алтарной росписи «Тайная Вечеря» использованы находки Николая Ге в его библейских картинах.

Над хорами на западной стене храма расположена композиция «Благо­словение детей», очень интересная по передаче световоздушной среды, так же, как и «Отрок Иисус в храме» на северной стене, не избежавшая влияния Василия Поленова.

Творческое наследие А. С. Славцева малоизвестно и совершенно не изучено. Роспись храма Богоявления, возможно, главное и единственное крупное произведение этого талантливого художника. Тем важнее макси­мально бережно сохранить и воссоздать этот уникальный памятник мону­ментального искусства.

Церковь Богоявления — вторая самостоятельная постройка Василия Кося­кова. В первом, построенном им храме Божьей Матери Милующей в Галерной гавани, Косяков твердо определил свою приверженность традициям Византий­ского зодчества, которым он следовал на протяжении всей своей жизни. Храм Богоявления стоит несколько особняком, хотя несет явные черты его творче­ской индивидуальности.

В архитектуре Гутуевской церкви видны характерные признаки русского зодчества XVII века, особенно памятников Ярославля этого периода. Здание хра­ма, как тогда писали, было построено в «русском стиле», точнее сказать, его кирпичной разновидности. Облицованный красным лекальным кирпичом, с кованными железными решетками на окнах, храм сразу же обращал на себя внимание изяществом отделки обилием наружных украшений. Фасады церкви не оштукатурены и, таким образом, красный кирпич определял бесконечное разнообразие «узорочья», достигаемое как приданием разной формы кирпи­чу путем тески, так и использованием лекального кирпича. Кроме того, разно-образные приемы кладки, углубления и выдвижения кирпича на стенах позво­яли выполнять ширинки, бегунки, поребрики в самых многочисленных вари­антах. Большое оживление вносили богатые майоликовые изразцовые вставки с полихромными рисунками в ширинках горизонтальных поясков храма, вы­полненные на заводах Кузнецова.