Минеральное собрание, одно из старейших после собраний музея им. А. И. Ферсмана в Москве и Санкт-Петербургского Горного музея, берет свое начало от кабинета естественной истории Учительской семинарии (1783 г.). С момента основания оно предназначалось для учебных целей и для популяризации знаний среди населения. Эти задачи музей выполняет и в наши дни. 

Его фонды насчитывают более 39 000 единиц хранения и порядка 1100 минеральных видов. Основу экспозиции музейного собрания составляет систематическая коллекция — она отражает учебную программу университетского курса.

Экскурсионно-исследовательская программа «МикроМир»

Совместный проект Минералогического музея и Научного парка СПбГУ, с привлечением специалистов Гербария СПбГУ и Ботанического сада СПбГУ.

Программа рассчитана на учащихся старших классов. Знакомит с возможностями современного научного оборудования и приобщает школьников к миру науки.

Состоит из двух этапов:

I этап — теоретический. Включает в себя экскурсию, которую проводит специалист минералогического музея, и отбор образцов для дальнейшего самостоятельного изучения (образцы минералов и горных пород из сырьевого фонда Минералогического музея, элементы сорняков, палой листвы из Ботанического сада/Гербария).

II этап — исследовательский. Специалисты ресурсного центра проводят экскурсию и мастер-класс по работе на оборудовании центра. После знакомства экскурсанты самостоятельно исследуют отобранные в музее (Ботаническом саду/Гербарии) образцы по принципу «нашел (поймал) — подготовил образец — рассмотрел под микроскопом…»