Минералогическая коллекция СПбГУ — одна из старейших  в России, после собраний музея им. А. И. Ферсмана в Москве и Санкт-Петербургского Горного музея. Его фонды насчитывают более 39 000 единиц хранения, порядка 1100 минеральных видов. Основу экспозиции музейного собрания составляет систематическая коллекция. Она отражает учебную программу университетского курса.

Экскурсионно-исследовательская программа «МикроМир»

(совместный проект Минералогического музея и Научного парка СПбГУ, с привлечением специалистов Гербария СПбГУ и Ботанического сада СПбГУ)

Программа рассчитана на учащихся старших классов. Знакомит с возможностями современного научного оборудования и приобщает школьников к миру науки.

Состоит из  двух этапов:

I этап – теоретический. Включает в себя экскурсию, которую проводит специалист минералогического музея, и отбор образцов для дальнейшего самостоятельного изучения (образцы минералов и горных пород из сырьевого фонда Минералогического музея, элементы сорняков, палой листвы из Ботанического сада/Гербария).

II этап – исследовательский. Специалисты ресурсного центра проводят экскурсию-мастер-класс по работе на оборудовании центра. После знакомства экскурсанты самостоятельно исследуют отобранные в музее (Ботаническом саду/Гербарии) образцы по принципу «нашел (поймал) — подготовил образец — рассмотрел под микроскопом…».