История МДТ началась менее чем через год после освобождения Ленинграда от блокады, когда большая часть театров все еще находились в эвакуации. 9 сентября 1944 года решением исполкома Ленинградского областного совета депутатов трудящихся был создан Областной драматический театр малых форм. Не имея собственного здания, театр первое время был передвижным. Труппа гастролировала по городам и селам Ленинградской области.

В 1956 году МДТ обрел свой дом на улице Рубинштейна, 18. Здание театра имеет статус памятника архитектуры и охраняется государством как объект культурного наследия. Построенное в 1872 году по проекту архитектора В.Ф. фон Геккера для фабрики И.А. Жевержеева, в 1911 году здание было перестроено под театр.

Статус Театра Европы МДТ был присвоен в 1998 году решением Генеральной Ассамблеи Союза европейских театров. Малый драматический театр является постоянным гостем и участником престижных театральных фестивалей, таких как «Золотая маска».

В 1975 году началось сотрудничество МДТ с Львом Абрамовичем Додиным, который с 1983 года является его бессменным художественным руководителем и с 2002 года - директором. Спектакли Льва Додина игрались в 27 странах мира.