История храма началась в 1890-е годы, когда несколько тысяч католиков, проживающих в восточном конце города, за Невой, подали ходатайство о постройке церкви. Строительство началось лишь в 1907 году, а закончилось в начале 1918-го. Это связано с тем, что работы проводились на личные средства прихожан, и стройка много раз замораживалась. Финальный вариант здания для удешевления был лишён колоколен, так здание получило свой необычной облик неоготической церкви без башен.

В 1936 году в церкви произошёл сильный пожар, а через год ее закрыли. После этого здание церкви использовалось под хозяйственные нужды ряда промышленных комбинатов. Для этого оно было серьёзно перестроено. Особенно губительным для общего состояния и внутреннего убранства храма стало сооружение внутренних перегородок, разделявших его на 4 этажа.

В 1993 году, благодаря стараниям немецкого католического священника Хартмута Каниа, была инициирована передача церкви обратно в ведение прихода. С 2011 года здание храма прошло через серию реставраций. Были снесены поставленные в советское время перегородки, восстановлены витражные стрельчатые окна и многое другое. В 2019 году храм был закрыт на реставрацию, которая продолжается по состоянию на 2023 год.