В 1734 году евангелическо-лютеранская шведско-финская община, переехавшая в Санкт-Петербург по окончании Северной войны, получила в дар от императрицы Анны Иоанновны участок на Большой Конюшенной улице, где была построена первая деревянная церковь.

Сегодня собор занимает величественное здание в классическом стиле, построенное по проекту ученика Ю.М. Фельтена архитектора Г.Х. Паульсена.В сентябре 2002 года Церковь Святой Марии стала епископальной церковью, что соответствует кафедральному собору. Помещение было полностью отреставрировано силами Центра зарубежной помощи Финляндии и Музейного ведомства Санкт-Петербурга. В 2010 году был установлен барочный духовой орган, сопровождающий все службы своим великолепным звучанием.

В кафедральном соборе Святой Марии, помимо Богослужений на русском и финском языках, проходят органные вечера, концерты духовной и классической музыки с участием духовых и струнных инструментов, хоровые выступления.