Церковь была построена в честь годовщины спасения царской семьи Александра III, которая по удачному стечению обстоятельств пережила крушения поезда 17 октября 1888 года. Постройку инициировали работники Экспедиции заготовления государственных бумаг, они же собрали средства на постройку храма. Собранных пожертвований было недостаточно для отдельного здания, поэтому церковь достроили в качестве третьего этажа здания Экспедиции. При этом архитектор Карл Маевский сумел создать просторное помещение вместимостью 1500 человек.

До 1923 года, когда храм был закрыт указом советских властей, он славился богатством внутреннего убранства. Два ряда колонн с узорными капителями, переходящими в арки, делили, пространство церкви на два нефа. Потолки были покрыты фресками и декоративными перегородками.

После закрытия храма, его помещение использовалось в качестве общежития и фабричного клуба. В 1990-е годы начались работы по восстановлению храма, которые завершились в 2006 году. В том же году храм возвратили православной церкви, он стал частью Константино-Еленинского женского монастыря.