Церковь, построенная в 1864 году по проекту профессора архитектуры Академии художеств Давида Ивановича Гримма, расположена в глубине живописного Михайловского парка с видом на Финский залив. Оригинальная постройка в суздальско-переяславском стиле до революции 1917 года оставалась домовым храмом семьи Великого князя Михаила Николаевича. В храме молились члены семьи убиенного монарха, позднее провозглашённые церковью мучениками.

Затем в разное время здесь находился детский дом, немецкий госпиталь, пансионат и даже продуктовый магазин. Храм пережил годы советской эпохи, годы забвения и разрушения, когда церковное имущество было разграблено, а стены частично разобраны на стройматериалы, но он пережил всё это, и в последнее десятилетие был воссоздан трудами игумена Евстафия (Жакова) и многочисленных благотворителей.

Восстановление первоначального уникального облика храма началось в 1998 году. Новая жизнь началась для него в 2007 году, когда в нём открылась церковь в память о профессоре Юрии Новицком, погибшим вместе с Петроградским митрополитом Вениамином в 1922 году и позднее канонизированном церковью как мученик за веру.