Своё название мост получил от Большой Подьяческой улицы, которая, в свою очередь, как и соседние Малая и Средняя Подьяческие, была названа в XVIII веке по селившимся в этом районе Петербурга мелким чиновникам, которых иногда называли подьячими. На Руси подьячими называли помощников дьяков-делопроизводителей и письмоводителей приказов.

В 1906 году на этом месте через Екатерининский канал был перекинут деревянный пешеходный мост. В 1971—1972 годах был построен однопролётный железобетонный мост. Опорные рамы моста выполнены в виде консолей, сопряженных несовершенным шарниром; опоры образуют обратный свод. Впервые этот приём был применён в 1967 году при возведении Ново-Конюшенного моста через канал Грибоедова.

По четырём углам моста установлены гранитные обелиски с фонарями, украшавшие прежде чугунный Александровский мост, перекинутый через Введенский канал возле его впадения в Фонтанку. При засыпке канала в 1965—1970 годах Александровский мост, построенный в 1808—1814 годах, был разобран, а представляющие художественную ценность обелиски перенесены на Подьяческий мост.