Первая казенная аптека (позднее, в отличие от других аптек, ее именовали Главной) помещалась в Петропавловской крепости. В 20-х годах XVIII века аптеку перевели на новое место. Для этого на углу  улицы Миллионной и Аптекарского переулка было построено специальное здание. Возводил его архитектор Д. Трезини. В 1789-1796 годах дом Главной аптеки был перестроен архитектором Д. Кваренги. Это здание сохранилось до наших дней.

Лекарства в Главной аптеке продавались всем желающим. Приготавливались из трав Аптекарского огорода - ныне Ботанического сада.

Своим названием Аптекарский переулок напоминает о том, что здесь в прежние времена находилась Главная аптека.