При основании Императорский ИЭМ получил особый государственный статус, ежегодный отчет о научных исследованиях визировался первым лицом государства – императором. Особенности структуры и схемы управления ИЭМ в значительной мере предвосхитили идеи, заложенные в современной теории дуализма муниципального управления. Динамика развития его научных школ, социально-экономическая и социально-культурная самобытность, высокоэффективное управление принца А.П. Ольденбургского предопределили формирование нового типа институализации научного учреждения – первого в мире медико-биологического научного центра университетского типа.

Хотя ведущей задачей Института было изучение причин болезней, главным образом заразных, а также «практическое применение способов борьбы с заболеваниями и последствиями оных», уже к началу XX века возникли два взаимосвязанных направления его деятельности: изучение фундаментальных проблем биологии и медицины, решение на их основе практических задач здравоохранения. В истории мировой науки ИЭМ до сих пор остается одним из наиболее продуктивных системообразующих центров развития медико-биологических исследований. На рубеже предшествующих веков здесь впервые был апробирован и отработан принципиально новый тип взаимодействия наук о живом, сегодня именуемый медицинской биологией (биомедициной). 

Институт основан принцем А.П.Ольденбургским, торжественное открытие состоялось 8 декабря 1890 года. Усадьба ИЭМ охраняется государством, многие его здания являются памятниками архитектуры.