Строительство здания академии было начато в 1799 г. по проекту Антонио Порто (до 1803 г.) и закончено в 1809 г. под руководством А.Н. Воронихина. Стены главного зала украшены знаменитыми фресками итальянского художника Пьеро ди Анжели, им же выполнены художественное оформление купола и изображения богинь врачевания, фармации и науки в «парусах», окаймляющих купол.

На территории академии размещены памятники работы известных мастеров (А.И. Штакеншнейдера, Д.И. Иенсена, М.К. Аникушина и др.): «Военным медикам, павшим в войнах», «Курсантам и слушателям Сталинградского курса Военно-морской медицинской академии в ознаменование 30-летия Великой победы на Волге», знаменитым ученым-медикам Я.В. Виллие, Н.И. Пирогову и С.П. Боткину. Перед фасадом главного здания академии установлена бронзовая фигура богини здоровья Гигиеи. В клиниках и на кафедрах установлены бюсты И.М. Балинского, Е.И. Богдановского, Н.Н. Зинина, Н.И. Пирогова, М.М. Руднева, С.П. Федорова. На фасадах зданий клиник и кафедр укреплены 29 мраморных досок, посвященных знаменитым ученым, работавшим в академии и составляющих ее честь и славу. Имена профессоров, преподавателей, курсантов, слушателей и других сотрудников академии, не вернувшихся полей Великой Отечественной и других войн, увековечены на мемориальных досках в зале главного здания академии.

Подтверждением признания Академии как учреждения мирового значения стало присвоение звания Почетного члена Военно-Медицинской академии более 300 выдающимся ученым в области естествознания и медицины России и зарубежных стран, а также крупным государственным деятелям.

Военно-Медицинская академия стояла у истоков Академии медицинских наук, созданной в декабре 1944 г. Авторитет Военно-медицинской академии создали ее профессора, врачи и педагоги, многие из которых стали основателями знаменитых научных школ. Среди них Н.И. Пирогов, создавший школу военно-полевых хирургов, С.П. Боткин – основатель школы военно-полевых терапевтов, И.М. Сеченов и И.П. Павлов основали школу русских физиологов, И.М. Аринкин основал школу гематологии, Е.Н. Павловский – школу паразитологов и инфекционистов, Н.П. Симановский – школу отоларингологии, биофизики – В.В. Петров (первый российский электротехник), В.М. Бехтерев – неврологии и психоневрологии, К.М. Фигурнов – военных гинекологов, В.А. Хилько – нейрохирургии.

Указом Президента Российской Федерации от 17 декабря 1998 года №1595 академия включена в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.

Знаки отличия:

Почётное наименование — Императорская (1808)
Почётное наименование — имени С. М. Кирова (1935)
Орден Красного Знамени (1968)
Боевой орден «За заслуги перед народом и Отечеством» в золоте (Германская Демократическая Республика) (1974)
Орден «Боевого Красного Знамени» (Монгольская Народная Республика) (1978)
Командорский Крест ордена Заслуги (Польская Народная Республика) (1986)
Орден «За боевые заслуги» высшей степени (Социалистическая Республика Вьетнам) (1988)
Орден «Дружбы народов» 1-й степени (Демократическая Республика Афганистан) (1989)
Орден «Антонио Масео» (Республика Куба) (1992)