27 июля 1903 года деревянная часовня была передвинута на другое место, на расстояние в несколько сажен от городской стены. Зимой 1904 года старую часовню отремонтировали, заново окрасили и перенесли к Кронштадтским воротам. Каменную часовню у Петербургских ворот строили к 200-летию Кронштадта по проекту архитектора А. Косякова, детально разработанному А.И. Викселем. Руководил строительством А.И. Виксель, помощником был инженер В.П. Шаверновский. Подрядчики работали бесплатно, строительные материалы были выделены из казны.

Закладка часовни состоялась после возведения фундамента 28 сентября 1903 года в присутствии главного командира Кронштадтского порта вице-адмирала С.О. Макарова. Чин освящения совершил настоятель Богоявленской церкви священник В.И. Погодин. К середине октября здание было практически готово. 13 октября водружен крест и сняты леса с купола. Часовня, выполненная в византийском стиле, стоит на небольшом возвышении с выложенными булыжником откосами.

 
В 2003–2004 годах, к 300-летию Кронштадта, часовня была отреставрирована, открыта и освящена.

Текст