Наблюдения за колебаниями Балтийского моря начались с 1703 года, а с 1707 года — в Кронштадте действует футшточная служба. В 1840 году по предложению гидрографа М. Ф. Рейнеке на каменном устое Синего моста через Обводный канал нанесена черта, соответствующая среднему уровню Финского залива по наблюдениям 1825–1839 гг. С этой чертой и совмещен ноль Кронштадтского футштока, от которого исчисляются абсолютные высоты поверхности Земли, глубины морей на навигационных и топографических картах, космические высоты. Моряки и летчики пользуются картами с глубинами и высотами, рассчитанными от нуля Кронштадтского футштока.

Сам же футшток находится на устое Синего моста через Обводный канал. Он представляет собой массивную чугунную линейку с фарфоровыми делениями. Рядом в гранит была вмонтирована табличка: «Исходный пункт нивелирной сети СССР».

В 1886 году астроном-геодезист Федор Егорович Витрам на месте нулевой метки вделал в камень медную пластину с горизонтальной чертой, которая и представляет ноль Кронштадтского футштока.

В 1871–1904 годах астроном Виктор Егорович Фус осуществил нивелирную связь нуля Кронштадтского футштока с марками на материке. Фусу принадлежит большая заслуга в решении вопроса об основном нуле высот России.

С 1898 года работает автоматический самопишущий прибор — мареограф, фиксирующий изменения уровня воды. Сначала он располагался в деревянной будке, затем в специальном павильоне. Павильон футштока — маленькая башенка в стиле петровской архитектуры — поставлен над колодцем глубиной 7 м, который сообщается с Финским заливом. В колодце на поверхности воды лежит специальный поплавок, соединенный с самопишущим прибором. Мареограф непрерывно рисует кривую уровня Балтийского моря. Средняя величину уровня приведена к нулю Кронштадтского футштока.

В 1913 году заведующий инструментальной камерой Кронштадтского порта — Христофор Францевич Тонберг — установил новую пластину с горизонтальной чертой, которая и служит до настоящего времени исходным пунктом всей нивелирной сети России.

В 1946 году нуль-пункт Кронштадтского футштока был принят за исходный пункт Государственной нивелирной сети и начало Балтийской системы высот.

В 2005 году на стенке Обводного канала у Синего моста, напротив павильона мареографа кронштадтского футштока установлен памятник рыбке колюшке — маленькой колючей рыбке, которая в годы блокады Ленинграда помогла людям преодолеть голод.