При Учебно-методическом центре имеется Музей «Морское подводное оружие России», в котором собрана уникальная коллекция: 85 полномасштабных образцов морского подводного оружия, 39 моделей, узлов и составных частей, 70 предметов интерьера и сувениров. 

В залах музея можно увидеть образцы морского оружия от середины ХIХ до конца ХХ столетия: от гальванической мины образца 1850 г. до современных минно-ракетных и минно-торпедных комплексов. 

Первый (малый) зал посвящен истории создания подводного оружия от своего зарождения до конца Второй мировой войны. Здесь выставлены образцы морского оружия от середины ХIХ до середины ХХ веков.Экспозиция открывается полномасштабным макетом гальванической мины Б.С. Якоби (образец 1850 г.). Над ней на стене можно увидеть схему массовых минных постановок в 1855 г. во время Крымской войны (1853-1856 гг.) на акватории Финского залива в районе Кронштадта, картину подрыва пароходо-фрегатов англо-французской эскадры, а также чертежи мин Э. Нобеля и Б.С. Якоби.

В этом зале выставлено и торпедное оружие. Оно представлено торпедой Р. Уайтхеда (образец 1877 г.). Торпеда была изготовлена в Фиуме (Хорватия). Именно такие торпеды были применены впервые в мире Российским флотом в боевой атаке на турецкие корабли 14 января 1878 г. вблизи Батуми. 

Второй (большой) зал посвящен морскому подводному оружию послевоенного периода. Здесь представлены образцы оружия, разработанные в основном НИИ-400 — ЦНИИ «Гидроприбор».

Вся экспозиция зала разбита на две части. Слева от прохода представлены образцы минного и противоминного оружия, а также модели необитаемых подводных аппаратов, аппаратов по поиску подводных лодок и буксируемых устройств связи ПЛ с командными пунктами страны.

В 60-е годы ХХ века институт занялся разработкой широкополосных минных комплексов активного типа. Представителями этого типа являются противолодочная мина-ракета «ПМР-1» (образец 1970 г.) и противолодочная мина-ракета «ПМР-2» (образец 1972 г.). 
Необитаемые подводные аппараты ТПА-200 (до 200 м) и «Скаут» (до 6000 м) могут выполнять различные задачи по поиску, идентификации, обследованию подводных объектов и проводить аварийно-спасательные работы. 

В правой стороне зала представлено торпедное оружие. Здесь можно увидеть торпеды: малогабаритные и крупногабаритные, парогазовые, электрические и реактивные, самонаводящиеся и телеуправляемые, корабельные и авиационные.
Мемориальный кабинет адм. С.О. Макарова.Особое место в музее занимает мемориальный кабинет Степана Осиповича Макарова, вице-адмирала российского флота, выдающегося флотоводца и ученого-моряка, внесшего большой вклад в развитие отечественного кораблестроения, военно-морскую тактику и океанографию, в развитие морского подводного оружия и корабельную артиллерию. Здесь собраны предметы из служебного кабинета в бытность его военным губернатором г. Кронштадта, географическая карта с отметками его кругосветного плавания на корвете «Витязь» и многие другие вещи.

С.О. Макаров был основоположником теории непотопляемости и живучести корабля; усовершенствовал корабельную артиллерию, увеличив дальность полета снарядов и пробиваемость брони с помощью изобретенного им «макаровского колпачка»; ввел на флоте разработанный Д.И. Менделеевым бездымный порох; оснастил корабельную артиллерию приборами, повышающими точность стрельбы.

С.О. Макаров был также выдающимся общественным деятелем: состоял членом Русского географического общества, Русского технического общества, Русского физико-химического общества и др. различных научных комиссий.

На фотографиях в кабинете представлены и этапы жизни адмирала от места его рождения в г. Николаеве Херсонской губернии до гибели на броненосце «Петропавловск», когда оборвалась жизнь С.О. Макарова, а также фотоматериалы из семейного альбома.