История организации берет свое начало с 1948 года. Основной сферой деятельности конструкторского бюро вот уже 60 лет является проектирование, обеспечение строительства и испытаний дизельных и атомных подводных лодок, глубоководных технических средств  и обитаемых подводных аппаратов.

«Малахит» находился у истоков создания передовых направлений подводного кораблестроения для отечественного флота.

Сегодня СПМБМ «Малахит» по праву является ведущим в стране организацией по проектированию современных многоцелевых подводных лодок и глубоководных технических средств освоения Океана и признанным пионером освоения новых типов энергетических установок и высокопрочных корпусных материалов подводных лодок. 
Экспозиция музея разделяется на несколько разделов: История СПМБМ "Малахит"; Создание первых подводных ракетоносцев; Создание первой отечественной атомной подводной лодки; Многоцелевые атомные подводные лодки России; Конверсионные работы СПМБМ "Малахит"; Создание отечественных глубоководных технических средств.

В коллективе организации работают четыре сотрудника и три научных работника. В коллекцию музея входит более чем две тысячи предметов, триста предметов коллекции представлены в экспозиции и входят в основные фонды музея. Музей представляет основные этапы развития конструкторского бюро, его работы в области подводного судостроения, иллюстрированные 20 моделями кораблей, чертежами, сувенирами, подарками бюро. На планшетах представлены документы, таблицы, имена и фотографии руководителей бюро, главных инженеров, лауреатов премий, орденоносцев. Фотоматериалы музея прослеживают эпизоды строительства и боевого использования подводных лодок, спроектированных в СПМБМ "Малахит". Музей содержит несколько сотен единиц хранения.