Помещение по адресу ул. Садовая, 11, было изначально передано Михаилу Шемякину в 1999 году в качестве мастерской, но художник практически сразу принял решение создать здесь место, которое могло бы стать частью культурной жизни Петербурга.

Было много разных экспериментов в период становления, развития тогда еще Фонда: интересные мероприятия, как выездные, так и проводимые в его собственных стенах.

В 2017 году Центр ожидало изменение внешнего облика залов, а также повлекло за собой появление 2-х новых пространств: лектория и галереи.

За годы существования ЦМШ по-разному строил диалог со зрителем, но оставался неизменным в одном – интересе как к творчеству Михаила Шемякина, так и к искусству и культуре в целом.

Этот интерес и определил для Центра два магистральных направления работы. Одно из них – научная и выставочная деятельность и проекты, связанные с творчеством мастера. Другое – научно-исследовательская работа на базе проекта «Воображаемый музей Михаила Шемякина». В рамках проекта проводятся конференции, лекции и другие образовательные мероприятия.