Экспозиция «Три века кронштадтской истории» (Якорная площадь, 2а) находится в непосредственной близости от Морского собора и рассказывает о более чем 300-летней истории города, крепости, порта. Тематически экспозиция разделена на три зоны – синюю, красную и зелёную – в соответствии эпохам – от петровской до новейшей. В Музее представлены макеты первого в России форта «Кроншлот», уникального Петровского дока, кронштадтских соборов. Посетители попадают в «блокадную комнату», воссоздающую атмосферу тяжелых блокадных дней. В экспозиции находится интерактивный перископ подводной лодки. Каждый желающий сможет попробовать себя в целенаведении. В помещениях здания Музея постоянно размещаются временные тематические выставки.

В здании башни городского водопровода (ул. Ленинградская, 2) расположилась экспозиция «Подводная археология». По мнению современных историков, Балтийское море является бесценной кладовой истории, где до сих пор сохраняются уникальные экспонаты прошлых эпох. Экспозиция «Подводная археология» приоткрывает завесу тайны. В залах Музея собраны сотни уникальных экспонатов, поднятых специалистами Центра подводных исследований Русского географического общества с морского дна. Здесь гости смогут познакомиться с историей кораблестроения и судоходства. В витринах представлены предметы морского быта, керамика, детали судового интерьера и экстерьера, относящихся к концу XVII – середине XX века. Центральное место в музейном пространстве занимают два крупных фрагмента корпуса линейного корабля «Лондон», дающие представления о том, как строились корабли во времена правления Петра I.

На баз Музея истории Кронштадта имеется Центр музейной педагогики, который разрабатывает увлекательные игровые интерактивные программы, квесты и мастер-классы. Мероприятия подготавливаются для разных возрастных категорий и проводятся как на площадках Музея, так и в городском пространстве.

Для разработки стратегии развития туризма, качественного информационного и экскурсионного обслуживания кронштадтцев и гостей города с 2008 года работает Информационно-культурный центр Музея истории Кронштадта (ул. Мартынова, 1/33) и павильон Информационно-культурного центра (ул. Макаровская, напротив центрального входа в Петровский парк). Сотрудники центра организуют экскурсии по городу и Музею истории Кронштадта. В Информационно-культурном центре все желающие могут бесплатно получить рекламно-полиграфическую продукцию: карту по городу, тематические буклеты, карманные календари с видами Кронштадта.