Набережная Макарова находится на берегу Малой Невы, в северной части Васильевского острова. Освоение прилегающей к ней территории началось в 1720-х годах, когда сюда был переведён морской торговый порт.

Первое официальное название этот берег Невы получил в 1776 году. Участок магистрали от Тифлисской улицы до Кадетской линии в 1776 году стал именоваться Гостиной улицей, по располагающемуся здесь Гостиному двору.

После перевода петербургского торгового порта с набережной стали выводить и обслуживающие порт организации. В 1952 года магистраль стала называться набережной Макарова в честь знаменитого учёного и флотоводца Степана Осиповича Макарова.

Капитальный ремонт набережной Макарова проходил в 1960-х годах. Тогда магистраль была создана практически заново. Проект набережной был составлен архитекторами Л. А. Носковым, инженерами А. Д. Гутцайтом и Б. Б. Левиным.