К концу 18 века торговые здания на Васильевском острове, включая здания старой Биржи и Таможни, устарели. Появилась необходимость в новых постройках. При Павле I появляется новый план застройки Стрелки Васильевского Острова, в числе новых зданий планировалось возвести здания Гостиного двора и Новой Биржи. В 1800 году постройка здания по проекту архитектора Д. Кваренги началась. Здание Новобиржевого Гостиного двора построено в виде замкнутого четырехугольника с большим внутренним двором.

Из-за участия России в Наполеоновских войнах строительство Гостиного двора шло медленными темпами, а впоследствии и вовсе застопорилось. Во второй половине 1800-х годов, когда Жан Тома де Томон начал строительство здания Новой Биржи, постройка и вовсе была разобрана. Возобновление и окончание постройки относится к 1815 году.

В XIX — начале XX века этот Гостиный двор использовался, в основном, для торгово-технических целей, преимущественно, в качестве складского помещения. После революции до начала 1930-х годов в здании располагались склады ленинградской милиции. Позднее здание было передано Историческому факультету ЛГУ, начавшему работу 1 сентября 1934 года.

В 1936 году был сделан ряд нововведений. По проекту Я. Я. Кетчера, А. А. Завардина и В. Н. Пилявского, интерьеры были кардинально изменены. До войны в здании Новобиржевого Гостиного двора помимо Исторического размещались филологический и географический факультеты и военная кафедра. Во время войны в здании располагался госпиталь.

Сейчас в здании располагается и Медицинский колледж СПбГУ. Новобиржевой гостиный двор на Васильевском острове сохранился до наших времен практически в первозданном виде, он охраняется государством как памятник архитектуры федерального значения и служит ярким примером русской классицистической архитектуры начала ХIХ века.